おかぁさん、こんばんわ。
私も水イボ持ちの子を持つ親の一人です。
我が子の通っている幼稚園(保育所と違うのですが)は、夏のプール以外は特に水イボのことは何も言われません。
しかし、保育園の中ではこのように登園を拒否されるとこもあるんですね(^_^.)　ちょっと驚きました。
私がもし登園を拒否されたらどうするかなぁ・・と考えました。
保育園をいまさら変えることもできないでしょうし、これからの付き合いもあると思うので、そうそう強気で攻めていくのもちょっと・・　　そこで私だったら、病院の先生に一筆書いていただくか、直接電話で状況を説明してもらいます。
また、おかぁさんのお子さんが通われている保育所には口うるさい親御さんはいらっしゃいませんか?
登園拒否は保育所の方針だけでなく、水イボに過剰に反応している他の親御さんの意見が入っているかも・・と考えるとこはありませんか?
(確かに幼稚園や保育所といった所は集団生活の場ですので、保育所が守りに入る気も分からなくはないですが)
たぶん揉め事に発展してはいけない・・と正直なことを教えてくれないとは思いますが、私なら他の親御さんから何か苦情などが出てきているのではないか?とそこら辺も聞いてみます。
うちの幼稚園は特にかもしれませんが、幼稚園でちょっと怪我をすると、会う先生会う先生がお詫びをしてきます。　大したことなくても家に電話がかかってくることもしばしばです。　私は大怪我をして縫ったとか入院した!ということがない限り、男の子ですし多少の怪我なら先生に謝っていただく必要はないと思うのですが、中にはちょっとしたことでも文句を言っていく親が沢山いるんです。　自分の子供がインフルエンザにかかっているというのに、平気な顔をして買い物に連れていくくせに、自分の周りの人がインフルエンザにかかっているとわかったら、自分のとった行動は棚にあげて文句を言う人もいるんですよね。
ちょっとした怪我でも大怪我をしたかのように言い、幼稚園の責任だわ<`ヘ´>なんて平気な顔をして言う人もいます。
長々書いてみましたが、結局上手に意見をまとめることができませんでした(^_^.)　ごめんなさい・・

とりあえず
1.保育所の方に(やんわりと)今までと話しが違うのはなぜか?
2.子供の水イボのことで、何か他の親御さんから苦情のようなものがでたのか?(トラブル回避のため、たぶん教えてくれることはないでしょうが・・)
3.病院の先生の診断書(と言うか見解書)を提出して説明をする
4.保健所(がいいのかどうかわかりませんが)に相談をしてみる

と以上の4つのことを私ならやってみると思います。
働くおかぁさんにとっては大変な問題ですよね。
ガンバッテください。　適切&立派な意見は出来ませんでしたが応援しています(^O^)/