tomopさん、こんにちは。
痛そうですね。早くよくなるといいですね。

> 息子は生後2ヶ月半の時に肛門と短くなった(した)腸の先端部をつなぐ手術をしています。
> 腸が短いため頻回便でお尻も荒れやすいです。
> そのつないだ部分にある時からイボみたいなものができました。

手術でつないだ部分というのがよくわからないのですが
皮膚の表面なのですよね?
水いぼとはまた、違うのでしょうか?
うちはなったことがないのですが、持っていた書籍に参考になりそうなものがありました。

「いぼ」には「伝染性のもの」と「老人性のもの」があるとのこと。
tomopさんちの息子さんの場合は、「伝染性のもの」になると思うのですが、
ウィルス感染によって起こるようですね。

●「自分で治す大百科」(法研)帯津良一・著より引用いたします。

1)「尋常性ゆうぜい(普通いぼといわれると多いようです)」
・大きくても大豆くらい
・表面ざらざら

2)「青年性扁平ゆうぜい」
・色は褐色か肌色
・大きさは5mmほど
・表面はなめらか
*1)2)は他人にはなかなかうつらないが、自分のほかの部分の皮膚にうつる。

3)「伝染性軟俗種(水いぼ)」
・幼児に多く見られる
・プールなどで他人にうつる

> 小児外科の主治医からはそのまま様子見ということで様子を見ていましたが、治らず大きくなったり、数が増えてきたので小児外科の主治医より皮膚科を受診した方がよいとのことで、受診しました。

いじったり、かきむしってしまったりしたのかもしれませんね。
2)か3)なのでしょうか?

●「ハトムギは、いぼに効く」といわれていて、ハトムギ茶やハトムギのサプリメントもおすすめのようです。ハトムギは細胞の新陳代謝をうながすして潤いのある美しい肌をつくるとともに、皮膚の老廃物や正常でない細胞を排除する働きがあります。ハトムギを煎じた汁をお茶代わりに飲んだり、その汁を直接患部につけると効果があります。

●皮膚の健康を保つ食べ物として「ビタミンAやB群」

もうひとつ参考になるかもしれません。

みずいぼの治療
http://www.aromatherapy.co.jp/sizen/kenkou/23mizuibo.htm