細菌性の病気には抗生剤は有効ですが、ウィルス性の病気には無効です。
抗生剤も菌を特定できなくては有効性はあまり期待できないはずです。
わたしは以前食中毒にかかいましたが、やはり病院で抗生剤を処方され飲みつづけている間は下痢が治まりませんでした。
体内に菌がいなくなっても服用を続けると善玉菌まで殺してしまうために下痢が続いたのだとおもわれます。

またインフルエンザは「菌」ではなく「ウィルス」です。