私の息子は元々腸の疾患があり、入退院を繰り返していたため他の予防接種一切受けられず、1歳直前になって予防接種をすることになりました。当時はBCGをするかポリオをするか迷っていましたが、ポリオをする機会も年に2度しか無かったためポリオを優先させました。
普段から下痢気味ではありましたが、接種前は体調もとてもよかったです。
接種後翌日に39.4度の発熱、その時は何と解熱剤も飲ませてしまっていました。
接種翌々日から下痢が始まり、接種後6日後には今度はお腹の動きが悪くなって排便が止まってしまい、7日めは嘔吐し、大学病院を受診したところ、腸炎になっていて入院しました。その時の入院は3週間程に及びました。
高熱が出た直後に近くの病院を受診しましたが、突発でしょうと言われ、予防接種との関係性は無いと言われました。
大学病院でも関係は無いと言われたのですが、主治医チームの一人の方が「関係あったかも」とのことでした。
いろいろと自分でも調べて、やはりポリオの副反応だと思ったのですが、のんのんさんも書かれている通り医師が認めないと副反応報告書も提出できません。

ちなみに、副反応報告書には報告基準というものがあって、予防接種と関係あると主治医なりが判断しないとこの副反応報告書は出されない仕組みになっています。
報告基準(PDF)
http://www.mhlw.go.jp/shingi/2004/09/dl/s0924-4a.pdf

国立感染症研究所/図3　予防接種健康被害発生時対策の概要
http://idsc.nih.go.jp/vaccine/2003VAGL/sec08-3.html
これは予防接種を受けて被害を受けたということを報告する時のものですが、途中までは副反応報告書の提出の流れでもあります。
医療機関から最寄りの各自治体へ報告書が出され、それが各都道府県に出され、最後に厚生労働省に報告されるという仕組みです。
副作用が出た本人の親がいくら言っても認められない限り出されない仕組みです。
他にもあまり認めたがらない医師も多いようなので報告基準に合わない症状については出されることは無いのだと思っています。

私も当時副反応報告書の存在を知り、被害の報告というよりは、実態の数として知ってほしい、データとして残してほしいと思って、保健所に問い合わせました。保健所では、医師が報告書を出さないと出せないと言うし、医師はポリオの副反応ではないと言うし・・・
ということで、その時は3週間も入院してたのに、結局何もできませんでした。
報告書を書いてくださる医師をみつけないとということになってしまうでしょうか。
ただ、専門の医師はポリオの後の下痢等は副反応だと言っている方もいます位言ってしまってもいいかもと個人的には思います。

このことがあってから副反応の出る割合としては、こちらの数字の方が近いのかもと思っています。
「予防接種後健康状況調査集計報告書」
http://www.mhlw.go.jp/shingi/other.html#kenkou

私自身はその時以来予防接種についていろいろと調べたり、勉強したり、子どもの病気への対処についても勉強していろいろな自然療法やカンガエルーネットとも出会えたのでよい機会だったのかもとも思えますが。