> 看病記録とはスレッド分けました。（一緒でもよかったですか？）

いえ、分けてもらった方が、すっきりするような気がします。

> リンク集とは一緒のコーナーでもかまわないのですが、資料集みたいな感じでオススメの本（本棚）みたいなものがあるといいかと思うのですが。
> いろいろと紹介されている本やバイブルと言われている本の紹介があるとうれしいです。

いま、「基礎知識」と「リンク集」って分かれていますよね？
これを「情報源」として一本化するのって、どうでしょうか？ で、その中に、「オススメ本」も入れてしまう。使う側から見れば、あちこちバラバラになっているより、まとめてあった方がいいと思うんですけど。それとも、まとめすぎ？

> namyさんの本棚でいいかもしれない

＋１票。

> amazonやbk1などにリンクされていると便利かも。
> アフィリエイトプログラムなんかあったりするとどうなんでしょうね。（これは又別途）

アフィリエイトプログラムって、よく分かりません。お時間があるときにでも解説してください。m(_ _)m