次男4ヶ月が、百日咳の疑い有で、今、抗生剤を服用してます。

先生に「もし百日咳だったら、二種混合になるんですよね?」と聞いたところ、「今は百日咳にかかってもかからなくても三種混合を打つようになってます。」との事。
確か長男のときの予防接種の手引きには二種混合になると書いてあったはず。この数年で制度が変わったんですね。
過去のスレッドなどを拝見して、勉強させていただいていますが、以下の点について、ご存知の方教えてください。

自費だと今もまだ二種混合を受けることができるんでしょうか?
公費負担では全然無理になっちゃったんでしょうか?
もし、百日咳にかかっていたとして、三種混合を打つと副反応はよりきつくでるのでしょうか?

過去スレと重複していたらすみません〜。