インフルエンザ関連脳症の原因として疑われているボルタレン、ポンタールなどの比較的強い解熱剤(非ステロイド抗炎症剤)は、2000年ころから、インフルエンザ患者への投与は慎重に、との見解が出ています。
なので、お姉さんのお子さんに処方された座薬は、おそらくアセトアミノフェンなど、副作用の少ない解熱剤のはずです。

なお、私は子どもの熱が40度を超えても、苦しくて眠れないといった場合以外は解熱剤を使うことはあまりありません。
子どもって40度の熱を出していても比較的元気なこともあるので、体温だけが目安ではないと思います。
ただし、熱の出始めで寒がるようであればあたたかく、熱が上がりきって暑がるときは涼しく、となるべく快適でいられるようには心がけています。