誠悠さん　お気楽ママさん　こんばんは

> その病気自体がどの程度自分の周りで蔓延する可能性があるのか
> ということなのです。それを知るにはやはり、数年間の感染報告
> などの情報が必要になります。そういったものは厚生省のHP
> などで簡単に手に入るのでしょうか。

素人には超難しい内容ですが、
国立感染症研究所のHPでブタの抗体保有状況が見れます。
http://idsc.nih.go.jp/yosoku/Smenum.html
http://idsc.nih.go.jp/yosoku/Smenu.html

感染症流行予測調査事業の報告書なども掲載されています。
http://idsc.nih.go.jp/yosoku/index.html

手っ取り早くは、QAも参考にされるといいかと思います。
http://idsc.nih.go.jp/disease/JEncephalitis/QAJE.html

http://www.nih.go.jp/vir1/NVL/JEVMeeting.htm
上記の内容に具体的な質問があれば、
http://www.nih.go.jp/niid/comments/index.html
ここに記載してある一定のルールを満足した質問であれば、回答していただける可能性もありそうです。

予防接種をしてもしなくても、どちらもリスクはありますが、住んでいる場所の状況や親の考え等いろいろあるので、最終的な判断は個人個人でするしかないですよね。しかし、ひとたび疑問におもってしまったら、納得いくまで情報収集はすべきだと思います。
これらの情報で納得できるものがなければ、リンク集や過去ログも併せて参考にしてみてください。
http://www.kangaeroo.net/D-info-F-dview-open-004012.html
http://www.kangaeroo.net/D-bbs-F-thread-threadno-7087-no-7087-update-1182168738.html

ユーザーがどんどん声をあげ、ニーズを伝えることが、情報をリアルタイムに適切に分かりやすく提供してもらえるようになる足がかりになるのかなと最近特に思います。
また、数年前よりはだいぶ整備されつつあると思います。まだまだ、迷路ですが、がんばって探していきましょうね〜。