日本脳炎は悩みどころという方が結構いらっしゃるようですね。
このサイトの過去ログを読んではいかがですか?
確かに日本脳炎に罹患し発病した場合、最悪運動マヒ障害が残ったり、死亡するというケースもあります。ワクチンの場合、副反応の大半が発熱であったり接種部位の腫れであったりしますが、やはり重篤な副反応も非常に数は少ないですが起こりうる訳です。発病した場合の合併症や後遺症とワクチンの副反応の出現率を見れば、圧倒的にワクチンの方が少ないと言われているので、医師の中には積極的な接種を勧める方もいる訳です。
日本脳炎Q&A(厚生労働省)に勧奨接種中止のいきさつや、その他の事について掲載されていますので、参考にされてはいかがですか?
http://www.mhlw.go.jp/qa/kenkou/nouen/
日本脳炎は不活化ワクチンですので、DPTワクチンと同様に追加接種を行います。接種の方法は、自治体から配布されているしおりやガイドを見れば判ると思います。
現在積極的勧奨接種を中止している現状では、自治体の担当課や保健所に聞いても「決めるのは親御さんです」という話しに最終的にはなると思います。
やはり決めるのは親御さんです。色々な意見や資料を参考に決めて下さい。
なお、現行ワクチンも全国的に品不足だと聞いています。もし受けると決めたなら、希望する医療機関にワクチンの在庫や入手可能かと言うことについても確認をして計画を立てると良いと思います。