せっかく予約も大変なHibワクチンを受けたのに検査で出てしまい、残念ですね。

ただ、どんな予防接種であっても、必ずしも抗体を獲得できるわけではなく、効果は100%ではありません。なので感染してしまうことはあり得ると思います。

Hibワクチンは1歳以下は2回接種ということですから、おそらく小さいうちは抗体がつきにくいのでしょう。そのため、間をあけて2回接種して、1回目接種の補完をしているのだと思います。

おたふくかぜ、インフルエンザ、水ぼうそうなどでも、予防接種を受けていたのにかかった…というのをよく聞きます。
予防接種を受けていたから症状が軽かった、また変わらなかったというのも聞きますが、症状が軽くすむかどうかについては、本人が持つ体力やその時の健康状態にもよるので、はっきりは分からないようです。

インフルエンザの予防接種などの場合は、軽く済んでいる傾向がある…という医師の印象は聞いたことがありますが、同一人物で予防接種を受けている場合と受けていない場合の感染状況の比較が出来ないので、結論付けることはできないようです。

中耳炎の原因については、よくわからないので、何もお答えできずごめんなさい。
ただ、小さいうちは中耳炎というのはあまり珍しくない疾患で、わが家の2番目も0歳から1歳にかけては2回かかりましたが、2歳過ぎには大丈夫になりました。成長につれて、かかることが少なくなると思います。
なお、うちの場合は原因菌の特定まではしなかったので、どれが原因かはわかりませんでした。