paeosanさん　大変な目にあわれてしまったのですね。
区役所への問い合わせなど、心労お察しします。
重要な情報、シャアしてくださってありがとうございます。

予防接種法が改正されて義務接種から勧奨接種になっている背景や接種勧奨を受けて十分に検討した結果同意できない場合は接種できないわけです。
--------------
11　予防接種後副反応等に関する説明及び同意
　予診の際は、予防接種の効果、予防接種後の通常起こり得る反応及びまれに生じる重い副反応並びに予防接種健康被害救済制度について、保護者がその内容を理解し得るよう適切な説明を行い予防接種実施に関して文書により同意を得た場合に限り接種を行うものとすること。
http://www.mhlw.go.jp/bunya/kenkou/teiki-yobou/07.html
--------------

保育課と保健所は同じ区でも管轄が違うってことになってしまうのかもしれませんが、予防接種法にも合法なのに区認可園の入園を拒否されるということはおかしいと区の担当に認識してもらうべきだと思います。
予防接種を受けに来たら入園OKの判子を押す。。。って脅しで同意をつけるってことじゃないですかぁ。。。

さて、1歳でご入園のご年齢で、1回接種に来ればいいということは、MR(麻しん・風しん)の予防接種を園医さんから勧奨されているのですか?

麻疹は昨秋に宮崎で海外旅行で罹患した先生から、広がったケースがありましたね。
http://www.nih.go.jp/niid/ja/typhi-m/iasr-reference/2248-related-articles/related-articles-396/3166-dj3965.html
http://www.nih.go.jp/niid/images/iasr/34/396/graph/df39651.gif
保育園に勤務する大人が皆麻疹の抗体があるかなんて検査もしてないと思うのですが、子どもだけに接種を強要するのはどうなんでしょうか?

確かに、麻疹は他の予防接種のある伝染病に比べると罹ったときの社会的ダメージが大きい世の中になってしまっています。麻疹の”排除”に向けた取り組みがあるからです。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsv/60/1/60_1_59/_pdf
http://wwwhourei.mhlw.go.jp/hourei/doc/tsuchi/T121214H0010.pdf

我が家は先日この↑三期で中一がMR初回の接種を受けました。
いろいろ、いろいろ、いろいろ、検討して、中学生なので本人とも相談し、、、で結果エイヤっと受けて来ました。
彼はちょうど1週間後に体調崩しましたが、副反応というよりは体がビックリしてバランスが崩れてその辺の風邪ウイルスにやられたという感じでした。

今回、脅しによるものではなく、ご両親改めていろいろ検討されて、仮に、接種されることを同意されたとしても、接種はぜひ体調のいい時に受けられるようにしていただきたいと、園医さんや行政にお願いしたいところです。2歳になるまでに受ければ定期接種の枠の中ですし、定期接種を外れても効果は変わらないのですから。

お役にたてるようないい方法は思い浮かばず、しかも、年度末バタバタしてたら投稿に気づくの遅くなってしまったので今頃ですが、同じ親のいち意見としてレスさせていただきます。
ただでさえお忙しい年度末、くれぐれもご無理をされませんよう。