namyさん、ありがとうございます。
その後、区に問い合わせをして調査してもらった結果、無事入園となりました!内容としては、担当医師の”集団保育には不適切”という診断に変わりはないが、最終的な区の判断としては入園不可にはあたらない　というようなことでした。病気になったときの対応が書かれた覚書きを交わして入園決定となりました。
こんな苦労をしなくていいように、予防接種に対する認識が少しずつでも変わっていくといいですね。