> 分かったような分からないような感じなのですが、一つめは、冷やしてしまうと強い免疫ができないかもしれない(抗体産生が不十分)、二つめは、他の病気の原因になってしまうかもしれない、ということでしょうか。

いいえ、ちょっと難しい概念なのですが、症状の矛先が変わる「転化」が起こるかもしれないということです。

アトピーの皮膚炎を抑えて気管支喘息が起こるとか、
下痢を抑えて蕁麻疹が起こるとか、そのようなケースのことです。
説明の容易な簡単な転化ならよいのですが、思っても見ない複雑な転化が起こることは、たいてい重症化の方向性です。
しかも現状分析がむずかしくなり治療すすみません。

まとめ)
冷やすなどということで、症状の矛先をかえないようにという意味ですね。