> 神経を抜いた歯の根元にぷくっと膨れたおできみたいなものがしょっちゅうできます。

原因が取れていないという事です。

> しかも経験者に聞くと、かなり痛みを伴う治療とのこと・・・。

人は皆違います。

> 今は全く痛みはないので、その治療のほうが怖くて、まだ行っていません。

逃げていると追っかけられます

> 本当にそのような治療をしなければならないのか、しないとどうなるのかを知りたいです。

取りあえず噛み合わせの調整で体がバランスを取り戻し
進行が止まるかも知れません。
でも殆どの先生は噛み合わせの事を知らないので
困った事です。