内科医です。

内科医なので、小児科学会の考えていることまではわかりませんが、医師としての当然の発想として、

はじめてインフルエンザへのまともな薬がでた(結構効くらしい)
乳幼児への安全性は確立されていない
乳幼児のインフルエンザは時に危険
今までのデータを総合すると

インフルエンザにタミフルを飲ませるリスク<そのままほうっておくリスク

ということです。
しかし、最後の部分は、比較的安全と思われる場合に限り、という但し書きをつけています。
厚生省や製薬会社の注意喚起はどう考えても訴訟対策のものです。なぜならほとんどの薬は乳幼児への安全性は保証されていないからです。
これを人体実験として避難するのは簡単ですが、せっかく効く確率が高い(と考えたはず)薬があるのに、シンメトレルみたいな危なっかしい薬を使うなんてどう考えてもおかしいわけです(飲んでる人がいたらすみません。相対的に、という意味で)。それぐらいなら我慢して、ということです。このHPでは実際に副作用に見舞われた方もいらっしゃるようですが、実際には飲んでもたいていは大丈夫だった、ということが大半なわけです(この点の結論は今年度が終わってからになってしまいますが)。
どうせなら、そんなに使いたかった小児科学会が働きかけて、薬にアンケートでも同封して、迅速診断の結果とその後の経過を集計すれば、割と良いデータがえられたでしょうに。なんせ薬はみなさん(私も含め)取られるのが嫌だが知りたいデータ(使用実績)が無いことには始まりませんから。

新しい治療が嫌ならやはり毅然とことわっていただいた方が良いと思います。それがもっともトラブルを回避することになります。医者から見たら、たいていは大丈夫だし、ほっといて大丈夫かな、、、と思いかねませんが、私個人は一応、他の選択肢の話をしつつも、快く処方をやめて一般的な生活や出勤の注意点を指導するにとどめています(重要ですから)。インフルエンザのやっかいなところは放っておいても(今まではそうするしか選択がなかったわけですけど)重篤化することがあり、子供の場合(大人もですけど)は予想がつかないってことですね。私は、今8ヶ月の子供が万が一かかってしまったら、飲ませようかな、と思いますけど。他の薬よりは断然マシだろうと。それが正直な使用実感です。まあでも言うほど結末は見れていないですが。
しかし、なにぶん割と新しい薬ということもあり、これは覆るかもしれません。でも覆ったことが間違っていたということもありえて、結構政治的配慮が働くものです。

ちなみに小さい子では難しいですが、すっかり廃れてしまったほぼ同時に発売されたリレンザという薬は吸入薬ですので、喘息で吸入をされている方なんかは割りと使いやすいのではないかと。咳が出るとき吸入というのも微妙ですし、独自の副作用がありますが、血中濃度はあまり上がらないので、かかりはじめに使っておく、というのが薬を使うという選択肢の中で一番体に影響が少ない気がします。
まだ売ってたよな・・・?あまりに使わないので。